Для подключения Via непосредственно к полигону (без термобарьера):
Термобарьер около VIA
Design->Rules->Plane->Poligon Connect Style
Далее создать правило, в Full Query указать isVia:
ПКМ на Poligon Connect Style -> New Rule
Создание правила, приоритеты правила
Далее создаём правило, указывая для Via: Full Query-> isVia Connect Style -> Direct Connect:
Задание правила в Altium Designer
Не забудьте про приоритеты правил, нажав на кнопку Priorities... и кнопками Decrease Priorities и Increase Priorities выставить приоритетом выше (с меньшим числом) ваше правило.
Via без термобарьера в Altium Designer
Чтобы снять или установить маску переходных отверстий:
Нажать F11 (PCB Inspector).
Include only выбрать Via
Edit->Select->Inside area и обвести мышкой плату.
Внутри окна PCB Inspector со свойствами VIA
Solder Mask Tenting - Top - на верхнем слое
Solder Mask Tenting - Bottom на нижнем.
Если свойство стоит как True - под маской.