Перед перенумеровкой компонентов свяжите компоненты на ПП и схеме:

1. Открыть PCB
2. Project -> Components links
3. Все компоненты из левой части (не связанные) переместить в правую и нажать кнопку Perform Update кнопкой >

Нажать Perform Update. 

Сама перенумеровка:
В SCH 
1. Tools -> Reset Schematic Designators...
2. Tools -> Annotate Schematic... Выбрать тип нумерации. 
3. Annotate Schematic Quietly...