EAGLE отображает паяльную маску "наоборот", т.е. вы активируете TStop слой или BStop слой - вы увидите чтпо ваши пады стали темнее и в штриховку. Это означает, что эти пады или переходные отверстия открыты (exposed). Если вы хотите покрыть переходные отверстия паяльной маской - тогда измените Limit Value в Ваших DRC/Mask параметрах.
Этот предел (Limit) означает триггер для переходных отверстий. Что это значит?
Это означает, что via которые имеют диаметр отверстия больше чем этот Limit , будут открыты от маски (exposed).
Для управления каждым переходным отверстием индивидуально служит свойство STOP mask
Картинки по ссылке ниже: