VIA может быть "tented" - т.е. закрыт маской или открыт (expoused) - т.е. открыт.
EAGLE отображает паяльную маску "наоборот", т.е. вы активируете  TStop слой или BStop слой - вы увидите чтпо ваши пады стали темнее и в штриховку. Это означает, что эти пады или переходные отверстия открыты (exposed). Если вы хотите покрыть переходные отверстия паяльной маской - тогда измените  Limit Value в Ваших DRC/Mask параметрах. 
Этот предел (Limit) означает триггер для переходных отверстий. Что это значит?
Это означает, что via которые имеют диаметр отверстия больше чем этот Limit , будут открыты от маски (exposed).
Для управления каждым переходным отверстием индивидуально служит свойство STOP mask 
Картинки по ссылке ниже:

 https://forums.autodesk.com/t5/eagle-forum/how-to-cover-vias-with-solder-mask/td-p/7086196