Заметки по работе с полигонами, чтобы упростить жизнь представлены здесь :

http://we.easyelectronics.ru/treasure/altium-pravila.html

На рисунке ниже - правило для отступов между земляным полигоном (с определённым имененем) на Bottom слое и залитыми областями, переходными отверстиями, падами, дорожками

Соответственно, по приоритету оно ставится первым.